Bezpieczeństwo i dobro dzieci są we Fregacie sprawą podstawową. W przedszkolu obowiązują standardy ochrony małoletnich, czyli zestaw zasad oraz procedur, które pomagają zapobiegać krzywdzeniu dzieci i jasno określają sposób postępowania, gdy pojawi się podejrzenie krzywdzenia lub informacja o zagrożeniu. Standardy obejmują zasady bezpiecznych relacji dorosły–dziecko i dziecko–dziecko, zasady reagowania na przemoc rówieśniczą, przemoc domową oraz sytuacje krzywdzenia przez osobę z personelu, a także sposób dokumentowania i udzielania wsparcia.